El presidente Benito Juárez estableció en esta ciudad su gobierno y Chihuahua se convirtió en la sede del Ejecutivo federal. El hecho es sin duda uno de los más importantes acontecidos en la historia de la capital que no podía dejar de mencionarse. El carruaje con Juárez y sus ministros llegó a la capital el 12 de octubre de 1864 y se estableció en tierras chihuahuenses, durante la invasión francesa. Su estadía fue de dos años, dos meses y 19 días. El presidente de la nación viajó en un carruaje con ruedas de madera.  Los planes originales eran llegar a la capital chihuahuense hasta el 13 de octubre, pero adelantó un día su arribo. Debido al cambio de planes, Juárez y su comitiva se detuvieron en unas fincas ubicadas en lo que hoy es Ávalos para esperar a que el gobernador del Estado, Ángel Trías, fuera a encontrarlo. El pueblo de Chihuahua lo recibió cariñoso y orgulloso de tener en su tierra al presidente de la república. La casona ubicada en la avenida que hoy lleva su nombre y la calle Quinta fue en donde se albergó el jefe del Ejecutivo federal y donde fue recibido con una fiesta la misma noche de su llegada. Benito Juárez impulsó en gran medida la agricultura, ganadería y comercio de Chihuahua y la región, puesto que la consolidación de la economía era uno de los principales objetivos. 

Durante su estancia en la capital el presidente mandó acuñar 12 monedas. Una decisión que tomó en conjunto con sus ministros, entre ellos José María Iglesias, debido a la necesidad que había de cimentar bien las finanzas a favor del pueblo y del gobierno. Benito Juárez García dirigió su gobierno desde aquí hasta el 10 de diciembre de 1866.

 

La batalla de Chihuahua tuvo lugar el 24 de marzo de 1866 en la ciudad de Chihuahua en el estado de Chihuahua, México, entre elementos del ejército mexicano de la república, al mando del Coronel Luis Terrazas y tropas francesas al servicio delSegundo Imperio Mexicano compuesta de soldados franceses y conservadores mexicanos durante la Segunda Intervención Francesa en México. El ataque a la capital del estado de Chihuahua, comenzó a las 9 de la mañana del 24 de marzo de1866, encabezada por el Coronel Luis Terrazas, quien se percató que el ejército imperialista se encontraba posesionado de esta plaza y que ellos mismos pretendían iniciar un movimiento por las cercanías del lugar.

El coronel Terrazas, ordenó a sus tropas de caballería dar batalla contra el flanco izquierdo enemigo, logrando así capturar muchos prisioneros y el desalojo de gran parte de los edificios del lugar. Ya casi ganada la batalla para los republicanos, el Coronel Terrazas ordenó el asalto final, al mando de Sóstenes Rocha, quien con su artillería logró acabar completamente con varios grupos de resistencia imperial, lo relevante fue que se efectuó un disparo de artillería desde lo que hoy es el parque Lerdo, que logró dar de lleno a una campana de la catedral en donde se atrincheraron los conservadores y los leales al emperador de tal suerte que el ruido ensordecedor los hizo abandonar sus puestos de batalla, y con esto para el anochecer finalmente se rindieron; mientras las tropas de tierra ocupaban la plaza en forma contundente. A las once de la noche se dio la rendición completa de los imperialistas, que se convirtieron en más de 200 prisioneros además de que se les confiscó mucho material de guerra, según lo escrito por el Coronel al Gral. Ignacio Mejía, entonces Secretario de Guerra y Marina